《变种妖蝶》的变种妖蝶故事发生在不远的未来。由于人类活动导致环境污染日益严重，变种妖蝶灵蝶族这一古老神秘物种几乎走向灭绝。变种妖蝶仅存的变种妖蝶一只雌雄同体灵蝶蝶飞儿因基因突变而成为怪物。为了延续种族，变种妖蝶她不得不与人类合作，变种妖蝶不仅消耗自身元气与人类结合，变种妖蝶还施展巫术攻击人类。变种妖蝶在这一过程中，变种妖蝶蝶飞儿意外发现自己的变种妖蝶青梅竹马、同样为灵蝶族的变种妖蝶林子凡竟然爱上了仇人的妹妹悠悠。为了拯救灵蝶族并使林子凡回归族群，变种妖蝶蝶飞儿决定囚禁悠悠，变种妖蝶并利用巫术将其伪装成悠悠迷惑林子凡，变种妖蝶却逐渐陷入了爱情的变种妖蝶漩涡。当真相大白后，林子凡愤怒地逼迫蝶飞儿释放悠悠，导致蝶飞儿遭受重伤。面对失去爱人的痛苦与报复心的驱使，蝶飞儿最终激发了雄性基因，开始疯狂复仇，并将矛头指向污染环境的主要责任人——顾卫华。然而，在这场复仇中，蝶飞儿因过度使用巫术而精疲力竭，最终不治身亡。林子凡则在失去爱人的痛苦中继续寻找着失踪的恋人悠悠，成为影片留下的悬念和希望。