《刺客列传 第二季》的刺客故事背景设定在启昆皇帝被刺身亡后，中国大地陷入一片混乱之中。列传四国天璇、第季天枢、刺客天玑与天权为了争夺霸主地位，列传展开了激烈的第季角逐。同时，刺客蛮族遖宿国趁机入侵中原腹地，列传相继攻陷了天枢和天玑两个重要地区，第季野心勃勃，刺客意图吞并剩余两国。列传面对如此严峻的第季局势，瑶光王子慕容离巧妙地离开天权，刺客前往遖宿国，列传不仅鼓动其举兵进攻天璇，第季并且通过与天璇的合作，成功暗杀了遖宿国王毓知，扶植其子毓骁登上王位。这一系列操作为天璇重建提供了有力支持。在另一边，仲堃仪则利用自己的谋略，派遣门徒楚艮宁和顾十安前往天璇，协助陵光国君逐步恢复国家实力。然而，慕容离利用计策让自己暂时失踪，成功诱使天权与遖宿联合进攻天璇，导致天璇几乎覆灭。关键时刻，慕容离重出江湖，却不幸被仲堃仪设计陷害，最终在天权将军的暗杀下命丧黄泉。尽管如此，慕容离的复出还是赢得了天权的支持，帮助他击退了遖宿国的入侵。然而，正当天下似乎即将恢复和平之时，开阳的野心再次浮现，预示着未来的危机尚未解除。整部剧集以复杂的阴谋、背叛与忠诚交织而成，展现了权力斗争中的无奈与悲凉。