《武神主宰 第二季》的武神故事发生在天武大陆的偏僻之地。主角秦尘原是主宰武域中最顶尖的天才强者，却因遭逢暗算而陨落于死亡峡谷，第季几乎命悬一线。武神然而，主宰他意外触发了一柄神秘古剑的第季力量，灵魂重生并获得了三百年的武神时间跨度记忆。时过境迁，主宰三百年后，第季秦尘转世为一名同名少年，武神名为秦尘（虽然名字相同，主宰但他并非原秦尘）。第季尽管他是武神大齐国军神定武王的爱孙，并且继承了家族显赫的主宰血统，但因生父的第季真实身份成谜，他和母亲在定武王府中始终备受冷遇。然而，命运的转折点发生在一天深夜，秦尘意外触碰到一具古剑，这不仅唤醒了他的前世记忆，也赋予了他超凡的力量。从此，秦尘在家族的打压与误解中挣扎求存，同时借助前世的记忆与新获得的力量，踏上了寻找真相、复仇和成为真正武神主宰的道路。在这个过程中，他结识了一群志同道合的朋友，共同对抗邪恶势力，揭开隐藏在历史背后的秘密。