资深警官薮池五郎（役所広司 饰）在处理一起绑架案时因决策失误，超凡神树导致绑匪和作为人质的超凡神树议员双双身亡。这一悲剧让他陷入了深深的超凡神树自责之中，并被上级要求暂时休假以平复心情。超凡神树为了排解心中的超凡神树疑问与不安，他决定利用假期探访发生在森林里的超凡神树神秘事件。这片山林曾长满了茂密的超凡神树山毛榉树，但在一颗无名怪树出现后，超凡神树其周围的超凡神树植物迅速枯萎死亡。这棵神树能从根部释放出剧毒物质，超凡神树令其他植物无法存活。超凡神树在探索过程中，超凡神树薮池邂逅了对神树顶礼膜拜的超凡神树青年桐山直人（池内博之 饰），后者坚信“强者生存”的超凡神树理念，并因此与坚决砍伐神树的超凡神树森林护卫员中曾根（大杉漣 饰）发生了激烈冲突。与此同时，植物学专家神保美津子（風吹ジュン 饰）及其妹妹千鹤（洞口依子 饰）对如何处理神树也持有不同见解。随着案件的深入，薮池发现自己不仅需要面对内心的疑惑，还需介入一场关乎生命与死亡、科学与信仰的复杂斗争。