在2017年的深夜书店奇幻电影《深夜书店3之灵魂伴侣》中，道士陆十一接手了一家古老的魂伴深夜书店。随着电子读物的深夜书店普及，现代人对纸质书籍的魂伴兴趣日渐减少，这让陆十一陷入管理困境。深夜书店与此同时，魂伴一系列奇怪事件开始频繁发生：书店内出现了一个来自《倩女幽魂》的深夜书店书灵，它吸取人的魂伴精气，造成了诸多人间灾难。深夜书店正当陆十一苦于应对这些书灵时，魂伴一个名为刘铭的深夜书店恶棍和他的团伙卷入了这场风波。刘铭利用网络社交手段，魂伴将自己妹妹的深夜书店照片作为游戏中的角色头像来迷惑玩家李晨宇，并以此获取游戏装备。魂伴而刘铭则因沉迷游戏而被书中的深夜书店一位妖姥姥吸食精华，逐渐失魂落魄。与此同时，李晨宇的前世恋人——女鬼小倩，化身为刘铭妹妹的模样出现在他面前，两人的感情因此变得更加复杂。在这一过程中，陆十一发现了一位酷似自己未入道前爱人的神秘女子，并展开了一系列寻找与解救行动。最终，在一系列斗法中，陆十一不仅要面对姥姥的挑战，还要解开自己内心深处的秘密，才可能拯救所有人免遭书灵之害。