在创圣纪0011年，创圣地球经历了前所未有的天使大异变，导致全球人口锐减至原有数量的创圣三分之一。南极冰川融化，天使沉睡了万年的创圣亚特兰蒂斯突然重现于世，而被称为“堕天翅族”的天使生物机械兵器也随之觉醒，它们不断袭击人类城市，创圣捕获并吸取一种名为Purana的天使生命能量。为了对抗这场危机，创圣人类从古老的天使海底遗迹中挖掘出了传说中的组合战斗机——Vector Machine。当这三台机器合体时，创圣“机械天使Aquarion”将正式诞生。天使启动Aquarion需要具备与机体共鸣的创圣“Element”，这是天使一种罕见的能力，要求拥有敏锐五感和纯真心灵的创圣人类青少年来担任机师。因此，全球各地的十五岁左右的孩子们被精心挑选出来，并集中训练。随着Aquarion即将首次合体，一场决定人类命运的大战即将展开。这些年轻英雄能否凭借自己的勇气与智慧对抗强大的敌人，守护地球免受这场浩劫？这不仅是一场战斗的开始，更是他们成长与觉醒的故事。