嘉靖二十九年，南少西安寺遭遇了突如其来的林荡倭寇袭击。石井镖局的倭英总镖头林钦的三个儿子——老大林展翔、老三林展浩和老二林展鹏，南少在这场灾难中各自经历了不同的林荡命运。林展翔与林展浩被僧兵救下带回南少林，倭英而林展鹏则不幸落入倭寇之手，南少并最终被收为养子，林荡改名“三枝乱步”，倭英并在倭寇的南少训练下成为了一名出色的武士。与此同时，林荡林展翔在经历了一系列磨难后，倭英决心遁世修行。南少在一次机缘巧合中，林荡他结识了陆家茶园主的倭英女儿陆燕怀，两人之间萌生了深厚的情感。然而，嘉靖三十年，倭寇再次入侵，无情地夺走了陆燕怀的生命。林展浩在南少林刻苦习武，逐渐成长为了一名武林高手，并与惠安女黄榕相爱。而三枝乱步则成为倭军首领的得力助手，意图掌控整个军团。经过多次激烈的对抗和内心的挣扎，林展翔最终重归江湖，成为了新一代武僧大师；林展浩选择在佛门中度过余生；林展鹏则在悲痛中选择了自我了断，带着遗憾离开了人世。这个故事展现了兄弟之间的生死羁绊、爱情与忠诚的抉择以及个人命运与国家大义的交织。