《在神酒诊所干杯》是神酒一部充满悬疑与反转的医疗剧。主人公九十九勝己（三浦貴大饰）是干杯一名外科医生，因一场医疗事故被医院开除后走投无路。神酒经过恩师引荐，干杯他来到了位于高档住宅区的神酒神酒诊所工作。这里不同于一般医院，干杯二层以上配备了先进的神酒医疗设备，由院长神酒章一郎（安藤政信饰）领导，干杯擅长治疗各种疑难杂症。神酒胜己初来乍到便目睹了院长那令人震撼的干杯手术技巧，暗下决心要在这样的神酒环境下努力提升自己的医术。然而，干杯随着深入诊所工作，神酒他逐渐发现了这里隐藏着一些不为人知的干杯秘密——神酒诊所在提供医疗服务的同时，还为有需要保密的神酒客户们提供了其他特殊服务。故事由此展开，胜己在不断挑战自我、学习新技能的过程中，也逐步揭开了自己医疗事故背后的真相。而与此同时，一场场危机与挑战接踵而至，不仅考验着他的医术，更对他的道德底线提出了严峻挑战。