在邪神加坦杰厄与迪迦奥特曼的迪迦最终对决之后，人类世界迎来了难得的奥特两年和平期。然而好景不长，曼最某日，终圣战GUTS考古队在南太平洋的迪迦一处远古遗迹露露耶中发现了已被毁灭的超古代城市遗址，并且意外地复活了三尊邪神——希特拉、奥特达拉姆和女领袖卡美拉。曼最尽管入间队长极力反对对这些古迹进行探索与发掘，终圣战但高层依然决定继续推进，迪迦最终导致了三尊邪神的奥特全面复活，人类再次陷入了前所未有的曼最危机之中。与此同时，终圣战圆·大古与柳濑·蕾娜这对恋人正准备步入婚姻殿堂。迪迦然而，奥特邪恶势力迅速升级，曼最指挥着强大的爪牙向地球发起了猛烈进攻。失去奥特曼力量的大古面对这一突如其来的威胁显得束手无策。回想起三千万年前那一场几乎毁灭人类文明的灾难，大古和迪迦奥特曼都感到了前所未有的压力与挑战……