明朝成化年间，龙门飞甲朝纲腐败，龙门飞甲宦官把持的龙门飞甲东厂和西厂混淆黑白，陷害忠良，龙门飞甲使得朝廷内外一片噤声。龙门飞甲赵怀安（李连杰饰）等流亡剑客挺身而出，龙门飞甲连续铲除东厂数名奸佞，龙门飞甲令阉党惶恐不安。龙门飞甲这时，龙门飞甲宫女素慧容（范晓萱饰），龙门飞甲怀着身孕，龙门飞甲在逃往关外的龙门飞甲途中被雨化田的手下追捕。幸得神秘侠客凌雁秋（周迅饰）相救，龙门飞甲并一起前往龙门客栈避难。龙门飞甲龙门客栈，龙门飞甲虽是江湖中人的聚集地，却暗藏玄机。此时，雨化田的爪牙与一支鞑靼商队在客栈内剑拔弩张，雨化田长相酷似之人——卜仓舟（陈坤饰）以及侠女顾少棠（李宇春饰）也在客栈投宿。赵怀安等人也秘密潜入龙门，准备共同对抗强大的对手。随着各方势力的交织与碰撞，一场正邪之战即将爆发。而素慧容的身份之谜、雨化田的真实面目、以及隐藏在龙门客栈背后的大秘密也将一一揭开。在这场充满恩怨情仇的江湖纷争中，正义能否战胜邪恶？一切，只待揭晓。