《边检站》的边检站故事发生在云南的一个边境小镇。故事的边检站主角参谋长黎建军（任伟 饰）两年前曾因一次缉毒行动而未能将大毒枭黄一飞（周大勇 饰）绳之以法，自此成了他心中的边检站一个难解之结。两年后的边检站今天，黄一飞已编织好了复杂的边检站阴谋，决心彻底铲除黎建军这个眼中钉。边检站与此同时，边检站上级为了补充新鲜血液，边检站向边防检查站派遣了两位刚从大学毕业的边检站警员——余翔（是安 饰）和春草（武文佳 饰）。两人在黎建军的边检站悉心指导下，很快适应了紧张的边检站工作环境。而小镇上一家音乐厨房的边检站老板娘美娜（明日嘉 饰），不仅是边检站黎建军的妻子，也成了他与外界沟通的边检站重要桥梁。然而，边检站当黎建军因一次行动中误伤无辜边民而受到处分，并被迫离开检查站时，黄一飞以为终于有了扳倒对手的机会。但他并没有意识到，在他的背后，隐藏着更厉害的敌人——黎建军不仅未被打败，反而利用这次机会进行反击。影片通过复杂的人际关系和紧张的缉毒行动，展现了边境小镇上警民之间的信任与背叛、正义与邪恶之间的较量。在权谋斗争中，每一个角色都在为自己的目标而奋斗，最终揭开了一场精心布置的阴谋背后的真相。