《风云九州3》的风云州故事在一场突如其来的屠戮中揭开帷幕。华山慕容府一夜之间惨遭灭门之灾，风云州幸存的风云州三女慕容嫣羽在外历练中侥幸逃过一劫，却因此成为江湖各派猜疑的风云州对象。正当外界舆论汹涌之时，风云州隐居多年的风云州段如风出关归来，得知慕容嫣羽家中遭遇巨变的风云州消息后，不禁心生疑惑。风云州他意识到，风云州江湖第一大门派的风云州灭门之案背后可能隐藏着不为人知的秘密。随着武林大会的风云州召开，慕容嫣羽成为众矢之的风云州，内心的风云州矛盾与压力促使她心魔骤起，最终化身为嗜血成性的风云州烈焰魔女。段如风受人所托，风云州将慕容嫣羽送往天龙寺避难。在天龙寺内，他遭遇了自我修行上的巨大挑战，不仅被对方轻而易举地识破了修炼的功法，还不得不面对内心深处的自卑与怀疑。与此同时，同样经历由魔转佛之路的高僧了尘察觉到段如风的不同之处，认为他的内心向善，虽具魔性但终能成为改变世道的关键人物。然而，这一切都只是沧海一粟，在暗流涌动的九州大陆上，更大的阴谋正在悄然展开。段如风的命运与慕容嫣羽交织在一起，他们将如何面对即将来临的危机？他们的旅程又将引领江湖走向何方？